2011年6月に、研究室の計算サーバとして、今まで FreeBSD がインストール
されていたPCに ubuntu 11.04 をインストールして、 sshd openmpi gfortran gmt rsh など
さまざまなソフトをインストールして並列計算できるようにしました。
mpif90 mpicc や mpirun などが使えます。
使用方法ですが、mpi には rsh を使うんですが、ubuntu1 ubuntu2 間では
自由に使えるように /etc/hosts.equiv に既に指定がされています
そこで、並列計算で両方を使うためには、まずホスト指定のために、
例えば machine という名前で、以下の二行を書いたファイルを作り。
ubuntu1 cpu=8
ubuntu2 cpu=8
それを使って、mpif90 や mpicc でコンパイルした実行ファイルを
たとえば、a.out とすると
mpirun -machinefile machine -np 16 ./a.out
などとして実行します。
ubuntu1とubuntu2は独立したPCですので、実行に必要なデータなど必要なファイルは、
すべて同名のディレクトリに格納しておく必要があります。
rcp が使えるので何も考えず ( cd ..; rcp -r ディレクトリ名 ubuntu2: )
などとコピーしましょう