CReSS に関するメモ

研究室の並列計算機で、CReSS を実行する手順 (2005.1 の備忘録)

• ソースを展開 tar zxvf ディレクトリ/cress2.1m.tar.Z
• cd CReSS2.1m/
• 下記訂正を行う。cd User_Mod; vi declmpi.f90; use mpi をコメントアウトし、 include 'mpif.h' を有効にする。; cd ..
• compile.conf の FC を ifort に設定
• user.conf で wlngth = 1 を設定。 <= wlngth = 4 が正しい。
• 実験に合わせて、ここから各種設定、およびデータファイル作成 etc.
• たとえば、solver の実行は
  • ./compile.csh solver
  • bsub
  • cd 実行ディレクトリ
  • mpirum -np CPU数 ./solver.exe < user.conf > test.out
  • Ctrl + D
  などとする。(本当にこれで良いのか。。。。)
  • bsub -n CPU数 -o test.out "cd /home/tama/test; mpijob mpirun ./solver.exe < user.conf.caps2002 > LOG"
  • とやっても動いた。こっちの方が、CPUを選んでくれて良い？
  • ２行上の cd /home/tama/test; は不要のようだ。
  • CPU数は user.conf の xpedim * ypedim と合う必要がある
  • 更に、CPU数は user.conf の xdim-3 を xpedim で、ydim-3 を ypedim で割り切れるようにしておかねばならない。
  • どちらも、Src/rdname.f90 で、チェックされているところを見れば分かる。
• データをまとめるために、unite を作成、実行する。dmp と geo のファイルのバイト数設定や、どちらをまとめるのか、などの設定を忘れずに! user.conf の一番最後にある。
• unite の実行は、並列じゃないので、普通に ./unite.exe < user.conf などとするべし。

CReSS 2.x が、並列計算機でコンパイルできない。(2004.Nov.)

fortcom: Error: castname.multi.f90, line 44: There is no matching specific subr
outine for this generic subroutine call.   [MPI_BCAST]

他、種々

• うちの並列計算機では、 wlength = 1 らしい (これで４バイトづつ読み書き)
• 上の文は間違っている! wlngth = 4 である。
• 正しく言うと、open文の recl=1 と指定すると、1レコードが４バイトになる。

MPI

• MPI Tutorial in Fortran by H.Matsufuru 氏
• MPI standard
• 並列プログラミング Origin Server Systems (SGI)

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