VFFONTS = .:{/usr/local/share/fonts/makejvf:$TEXMF/fonts}//vf//
TFMFONTS = .:{/usr/local/share/fonts/makejvf:$TEXMF/fonts:$VARTEXFONTS}//tfm//
PKFONTS = .:/usr/local/lib/fonts/{pk118:pk240:pk300:pk360:pk400:pk600}:{$TEXMF/fonts:$VARTEXFONTS}//pk/{$MAKETEX_MODE:modeless}//
だったかな、このように変更する必要あり。(portupgrade してたら分からなくなって、はまった)
r-kochi-mincho|Kochi Mincho:\
:ft=freetype:\
:ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/DFHSM3.TTC:
# :ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/kochi-mincho-subst.ttf:
r-kochi-gothic|Kochi Gothic:\
:ft=freetype:\
:ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/DFHSG3.TTC:
# :ff=/usr/X11R6/lib/X11/fonts/TrueType/kochi-gothic-subst.ttf:
としてしまった。